| 順位 | 点 | チーム |
| 1 | 1 | ツエーゲン金沢 |
| 栃木シティ | ||
| 3 | 2 | 高知ユナイテッドＳＣ |
| 4 | 3 | ロアッソ熊本 |
| ヴァンラーレ八戸 | ||
| 栃木ＳＣ | ||
| 鹿児島ユナイテッドＦＣ | ||
| 8 | 4 | 藤枝ＭＹＦＣ |
| ＦＣ岐阜 | ||
| ギラヴァンツ北九州 | ||
| ＡＣ長野パルセイロ | ||
| ＦＣ大阪 | ||
| 13 | 5 | ファジアーノ岡山 |
| ブラウブリッツ秋田 | ||
| いわきＦＣ | ||
| ＦＣ琉球 | ||
| 17 | 6 | 愛媛ＦＣ |
| アスルクラロ沼津 | ||
| 19 | 7 | ＦＣ今治 |
| 奈良クラブ | ||
| カマタマーレ讃岐 | ||
| ＳＣ相模原 | ||
| ガイナーレ鳥取 | ||
| テゲバジャーロ宮崎 | ||
| 25 | 8 | レノファ山口ＦＣ |
| ザスパ群馬 | ||
| 福島ユナイテッドＦＣ | ||
| 28 | 10 | ＦＣ町田ゼルビア |
| カターレ富山 | ||
| 30 | 13 | 水戸ホーリーホック |
| 31 | 32 | 松本山雅ＦＣ |
| 32 | 35 | Ｖ・ファーレン長崎 |
| 33 | 45 | 横浜ＦＣ |
| 徳島ヴォルティス | ||
| 35 | 46 | モンテディオ山形 |
| 36 | 85 | ヴァンフォーレ甲府 |
| 37 | 123 | 大分トリニータ |
| 38 | 128 | アビスパ福岡 |
| 39 | 129 | ＲＢ大宮アルディージャ |
| 40 | 135 | 東京ヴェルディ |
| 41 | 141 | 京都サンガＦ.Ｃ. |
| 42 | 145 | サガン鳥栖 |
| 43 | 153 | 湘南ベルマーレ |
| 44 | 160 | ジェフユナイテッド千葉 |
| 45 | 161 | アルビレックス新潟 |
| 46 | 169 | ベガルタ仙台 |
| 47 | 171 | 北海道コンサドーレ札幌 |
| 48 | 180 | 川崎フロンターレ |
| 49 | 193 | ＦＣ東京 |
| 50 | 203 | セレッソ大阪 |
| 51 | 205 | 柏レイソル |
| 52 | 216 | ヴィッセル神戸 |
| 53 | 217 | ジュビロ磐田 |
| 54 | 256 | 鹿島アントラーズ |
| サンフレッチェ広島 | ||
| 56 | 259 | 浦和レッズ |
| 57 | 274 | 横浜Ｆ・マリノス |
| 58 | 279 | 清水エスパルス |
| 59 | 287 | 名古屋グランパス |
| 60 | 289 | ガンバ大阪 |